日本科学协会成立于1924年,是经日本文部大臣批准的日本历史最悠久的公益团体之一。
1924年成立之初,名称为财团法人科学知识普及会,由200多名日本著名科学家和学者担任理事和评议员,主要活动是通过编辑发行《科学知识》、《科学年鉴》等,促进科学工作者的交流和合作，普及科学知识。
日本科学协会的宗旨是奖励科学研究，普及科学研究成果以及振兴科学教育，以及通过捐赠教育研究用图书等开展国内外学术交流，培养人才,促进国际间的相互理解,为世界的稳定发展做贡献。
2012年4月1日，由日本内阁府认定为公益财团法人。
主要实施项目
科学领域
笹川科学研究资助项目
培养肩负科学研究未来的年轻人才，鼓励他们的研究。同时，努力推进研究交流及研究成果反哺社会。
对发表研究成果的资助
对曾经接受过笹川科学研究资助的研究人员去海外发表研究成果提供旅费等方面的资助。
科学相邻领域研究会
成立科学相邻领域研究会，利用研究会的研究成果，创刊《科学与宗教》（2018年）、《科学与伦理》（2021年）、《科学与艺术》（2022年）。
人类生命科学教科书
与国立情报学研究所共同开发生命科学教科书《人类的生命科学―生活在现代的基础知识》，发行Web版及电子书。
科学研究导师指导制度
不拘泥学校教育的框架，为对科学感兴趣的高中生能够打下科学研究的基础，请大学教师等科学研究方面的专家(指导导师)进行一年的个人指导，以及开办统计及研究伦理等方面的讲座，为将来希望成为科学工作者的年轻人提供支援。
开放科学实验数据库
为了让少年儿童感受到科学和技术的乐趣，利用网站等发布相关的科学实验及课题，开展科学实验活动等。
国际领域
将从日本的出版社、图书馆、企业、个人等收集的图书，按照中国及亚洲各国大学等的要求进行捐赠。
面向全中国在大学学习日语的学生，举办以日语参加的“日本”相关知识问题竞赛的“笹川杯全国高校日本知识大赛”。
面向全中国的大学生等，以“日本”为题目，举办“笹川杯品书知日本征文大赛” “笹川杯日本研究论文大赛”。
邀请在中国各项大赛中获奖人员访问日本和在日本各项大赛中获奖人员访问中国。
历史沿革
| 1921 | 科学知识普及会发行了第一期《科学知识》杂志，该杂志一直持续发行至1950年。 |
| 1924 | 为普及科学知识，成立了科学普及会。 |
| 1939 | 创刊《采集及饲养》杂志,该杂志一直持续发行至1990年。 |
| 1941 | 因第二次世界大战，除了持续发行科学书籍以外，停止了其他所有活动。 |
| 1944 | 与东京工业大学日本科学学会合并，建立财团法人日本科学协会。 |
| 1975 | 在日本船舶振兴会（现日本财团）会长笹川良一和日本科学审议会会长茅诚司的支持下，处于休眠状态的日本科学协会重新开展活动。 |
| 1976 | 首次发行《野生动物》（月刊）（至1984年）。 |
| 1988 | 在日本船舶振兴会的资助下，开展笹川科学研究资助项目。 |
| 1999 | 开展向中国大学捐赠图书的“有效利用教育科研图书”项目。 |
| 2007 | 开展系列体感实验设备项目，并在全国范围内巡展（至2013年）。 |
| 2012 | 由内阁府认定为公益财团法人日本科学协会。 |
| 2013 | 向台湾高雄市国家科技馆捐赠体感实验设备--“台风袭来！” |
| 2014 | 向防府市青少年科学馆太阳捐赠体感实验设备—“破解光之谜！。” |